Par défaut, lorsque vous choisissez Enregistrer sous, Photoshop "Enregistre sous" automatiquement au même emplacement que l'original. Pour enregistrer les fichiers dans un emplacement différent (comme un « dossier traité), sélectionnez Préférences > La gestion des fichiers > et désactivez "Enregistrer sous dans le dossier d'origine".